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Text File  |  1995-03-04  |  3.0 KB  |  68 lines
  1. ***************************************************
  2. * TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature *
  3. ***************************************************
  4.  
  5. A number  of  proteins,  some  of  which  are known to be receptors for growth
  6. factors, have  been  found  to contain a cysteine-rich  domain of about 110 to
  7. 160 amino acids in their N-terminal part, that can be subdivided into four (or
  8. in some  cases,  three)  modules  of  about 40 residues containing 6 conserved
  9. cysteines. Proteins known to belong to this family [1,2] are listed below:
  10.  
  11.  - Tumor Necrosis Factor type I and type II receptors (TNFR).  Both  receptors
  12.    bind TNF-alpha  and  TNF-beta, but  are  only  similar in the cysteine-rich
  13.    region.
  14.  - Shope fibroma virus soluble TNF receptor (protein T2) [3].
  15.  - Low-affinity nerve growth factor receptor (LA-NGFR).
  16.  - Mammalian CD40 (Bp50), the receptor for the CD40L (or TRAP) cytokine.
  17.  - Human T-cell activation antigen CD27, the receptor for CD27L.
  18.  - Human lymphocyte activation antigen CD30, the receptor for CD30L.
  19.  - FAS antigen [4] (or APO-1), the receptor for FASL, a  protein  involved  in
  20.    apoptosis (programmed cell death).
  21.  - Rat T-cell antigen OX40.
  22.  - Mouse T-cell protein 4-1BB which  may  function  as a receptor specifically
  23.    required during T cell activation [5].
  24.  - Vaccinia virus protein A53 (SalF19R).
  25.  
  26. It has  been  shown  [6]  that the six  cysteines  all  involved in intrachain
  27. disulfide bonds. A schematic representation of the structure of the 40 residue
  28. module of these receptors is shown below:
  29.  
  30.                   +-------------+    +--------------+
  31.                   |             |    |              |
  32.                  xCxxxxxxxxxxxxxCxCxxCxxxxxxxxxCxxxxCxx
  33.                                   |            |
  34.                                   +------------+
  35.  
  36. 'C': conserved cysteine involved in a disulfide bond.
  37.  
  38. We have  developed  a  signature  pattern  for the cysteine-rich region. It is
  39. based mainly  on  the  position  of the six conserved cysteines in each of the
  40. repeats.
  41.  
  42. -Consensus pattern: C-x(4,6)-[FYH]-x(5,10)-C-x(0,2)-C-x(2,3)-C-x(7,11)-C-
  43.                     x(4,6)-[DNEQSP]-x(2)-C
  44.                     [The six C's are involved in disulfide bonds]
  45. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  46. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: a sheep keratin  and  fission yeast
  47.  PCK1.
  48.  
  49. -Note: this pattern is found from 1 to 4 times in the proteins listed above.
  50.  
  51. -Last update: June 1994 / Text revised.
  52.  
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